Chaque année la loi de financement de la Sécurité Sociale détermine le montant de l'enveloppe nationale du FICQCS, lui-même attribué aux Missions Régionales de Santé. Le budget du FIQCS régional est proposé par le Directeur de la MRS au Conseil régional du FIQCS. La MRS et le Bureau Régional du FIQCS ont des compétences différentes en fonction de la nature des projets financés. Chaque MRS est limité au budget attribué annuellement et doit rendre des comptes sur l'utilisation des fonds. (Voir la rubrique "Rapport d'activité").