Le Comité National de la Qualité et de la Coordination des soins répartit chaque année ses fonds entre les niveaux national et régional ; puis entre chaque Mission Régionale de Santé.
Les Missions Régionales de Santé (ou MRS) sont assurées par l'Agence Régionale de l'Hospitalisation et l'Union Régionale des Caisses d'Assurance Maladie, ensemble. Leur fonctionnement étant alternativement dirigé par l'un, puis par l'autre des directeurs de ces deux structures régionales (alternativement chaque année).
Le niveau national du FIQCS
Le niveau régional
Les Conseils et Bureau régionaux sont mis en place dans chaque région pour gérer les enveloppes régionales, avec les directeurs gérant la MRS.
