Conformément à l’article R. 183-2 du code de la sécurité sociale, dans chaque union régionale des caisses d’assurance maladie siège un conseil constitué de :
- 18 membres désignés parmi les membres du conseil titulaires ou suppléants des caisses primaires d’assurance maladie membres de l’union régionale dont :
o 8 représentants des assurés sociaux,
o 8 représentants des employeurs
o 2 désignés par la fédération nationale de la mutualité française,
- au maximum 9 membres représentant les régimes d’assurance maladie autres que le régime général, ces membres sont désignés parmi les membres du conseil d’une ou plusieurs caisses maladie régionales des travailleurs indépendants et de l’association régionale des caisses de mutualité sociale agricole, membres de l’union régionale ; toutefois figurent parmi ces membres, dans les conseils des unions régionales du Nord-Pas-de-Calais et de Lorraine, des représentants des sociétés de secours minières, et parmi ceux de l’Alsace et de la Lorraine un représentant de l’instance gestionnaire du régime local d’assurance maladie complémentaire obligatoire des départements du Haut-Rhin, du Bas-Rhin et de la Moselle,
- 1 représentant du personnel de l’union régionale avec voix consultative.

Le conseil de l’URCAM délibère sur :
- les orientations de l’organisation de l’union régionale
- les orientations du contrat pluriannuel d’objectifs et de gestion
- les opérations immobilières et la gestion du patrimoine
- l’acceptation et le refus de dons et legs
- la représentation de l’union dans les instances ou organismes au sein desquels celle-ci est amenée à siéger
Il approuve sur proposition du directeur, les budgets de gestion et d’intervention.

Le conseil peut décider de constituer un bureau ou des commissions et leur déléguer une partie de ses attributions.